高等教育研究中心依托教育部教育评价改革研究基地等科研平台建设，重点发展高等教育治理、高等教育评价两个研究领域。高等教育治理研究领域涵盖高等教育治理结构与体系构建、内部权力运行机制、外部关系与影响、治理理念与模式等多个方面，对于构建中国特色现代大学制度，提升高校治理体系与治理能力具有重要意义。高等教育评价研究领域涉及高等教育强国评价与“双一流”建设监测、高等学校专业结构与空间布局调整、高等教育服务高水平科技自立自强与区域经济社会发展等研究议题，在助力“双一流”建设科学推进方面发挥积极作用。研究团队开展“雄安新区教育与经济社会协同发展研究”“习近平总书记关于教育强国建设的重要论述研究”等国家及和省部级重点项目研究，积极探索新的评价理论和指标体系，发布《高等教育强国指数》《境外大学学科分级目录（人文社会科学）》等系列成果，有力地支撑了高等教育强国建设，服务新时期教育对外开放工作。